A subcomissão tem como objetivo principal a discussão de assuntos relacionados aos Termos de Cooperação Técnica assinados entre o Ministério Público, por meio do CNPG (Copeduc/GNDH), e o Ministério da Educação (MEC). Os termos são renovados periodicamente e estabelecem formas de colaboração para o aperfeiçoamento dos mecanismos de controle e fiscalização do Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica e Valorização dos Profissionais da Educação (Fundeb), do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE), além de medidas para intercâmbio de informações e outras ações conjuntas. Nos últimos cinco anos, foram assinados quatro termos de cooperação entre Ministério Público e MEC.
